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Microbiote, le peuple de nos intestins
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À chacun sa collection de microbes
Comme l’ADN ou les empreintes digitales, nous avons chacun un microbiote qui nous est propre. Celui-ci se constitue dès les premiers instants de la vie. Alors qu’il est isolé dans le ventre de sa mère, l’enfant à naître est maintenu stérile et dépourvu de tout germe. C’est au moment de l’accouchement qu’il est assailli par une armée de bactéries. Cette rencontre est cruciale car les premières bactéries qui s’implantent vont l’accompagner tout au long de la vie. Celles-ci viennent du microbiote vaginal de la mère si l’accouchement a lieu par voie basse : ce sont principalement des lactobacilles, qui forment une barrière contre les germes pathogènes. Les bébés nés d’une césarienne, eux, n’ont pas cette chance : leur premier contact avec l’extérieur se fait avec les bactéries de la maternité, celles de l’air et celles vivant sur la peau de la mère et du personnel soignant. Plusieurs travaux ont montré que ces nouveau-nés seraient plus sensibles à diverses maladies comme l’asthme, l’obésité, les allergies ou certaines maladies inflammatoires.
C’est pour compenser ce déséquilibre qu’une pratique s’est répandue : badigeonner le bébé avec une compresse imbibée de la flore vaginale maternelle, ceci afin de mimer un ensemencement naturel du microbiote. Par la suite, le microbiote se met en place et s’enrichit progressivement, influencé par l’environnement et l’alimentation du nouveau-né. Le lait maternel, notamment, apporte des bifidobactéries bénéfiques pour la santé. On sait aussi qu’un excès de propreté nuit au bon développement de notre peuple microbien et que la prise d’antibiotiques, qui éradiquent les mauvaises bactéries comme les bonnes, réduira sa richesse. Au gré de ce qu’il mange, des objets qu’il porte à sa bouche ou des bisous qu’on lui fait… le bébé constitue petit à petit sa collection personnelle de bactéries, qui devient de plus en plus riche jusqu’à l’âge de 2-3 ans, où elle atteint sa « taille » adulte.
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Un excès de propreté nuit au bon développement de notre peuple microbien.
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Sa composition changera peu tout au long de la vie, même si elle peut être modifiée par l’alimentation, l’ingestion de probiotiques ou la prise de médicaments. Si chacun se distingue par un microbiote unique, on peut dire que d’autres individus ont un intestin qui ressemble au nôtre… Nous nous répartissons ainsi parmi trois familles appelées « entérotypes » – de la même manière que quatre groupes sanguins différencient les individus. Chaque famille est baptisée du nom de la bactérie la plus représentée dans chacun d’eux. La première famille est dominée par les Bacteroides, des bactéries qui apprécient la viande et les matières grasses, tandis que la famille des Prevotella est davantage liée à une alimentation riche en glucides complexes et en fibres : elle est donc plus fréquente chez les végétariens. La troisième famille se distingue par une proportion élevée de Ruminococcus, aimant particulièrement l’alcool. Si l’existence de ces entérotypes reste discutée, cette répartition pourrait expliquer pourquoi les effets d’un régime alimentaire ou de certains médicaments changent d’une personne à l’autre. Au-delà d’être une signature identitaire, le microbiote en dit donc long sur nous. Et de l’ensemble des récents travaux émerge une découverte capitale : plus notre microbiote est riche et diversifié, mieux nous nous portons.
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Quand les bactéries prennent soin de nous
Chaque jour, nous partageons nos repas avec nos milliards de bactéries. Lorsqu’un aliment est ingéré, il voyage dans notre système digestif pour être réduit en morceaux jusqu’à ce que les fragments soient assez petits pour être assimilés par notre corps. La première étape a lieu dans la bouche avec la mastication, puis l’aliment devenu bouillie descend jusqu’à l’estomac, qui brasse le tout pour en faire de minuscules miettes. Le plus gros de la digestion se fait ensuite dans l’intestin grêle. À partir des miettes vont être extraits des éléments encore plus petits, les nutriments, qui sont assimilés par nos cellules pour leur fournir de l’énergie. C’est en aval, dans le côlon, que les bactéries attendent d’être servies. Elles se chargent des résidus que nous aurions été incapables de digérer seuls – comme les fibres alimentaires de certains fruits, légumes ou céréales – tout en se nourrissant au passage. Se faisant, elles produisent des gaz qui se manifestent par l’odeur de nos flatulences, mais aussi des composés que nos cellules pourront utiliser comme des sucres et des acides gras. De 5 à 10 % de nos besoins énergétiques sont ainsi couverts grâce à nos bactéries. Et non seulement elles nous alimentent en énergie, mais elles fabriquent aussi des vitamines indispensables au bon fonctionnement de notre organisme.
Selon ce que nous mangeons, nous déterminons quelles bactéries vont prospérer et lesquelles seront les plus abondantes. Certaines seront plus fréquentes chez les amateurs de viande, tandis que d’autres vont préférer une alimentation à base de légumes. Dans certains cas, les bactéries fabriquent même de nouveaux outils pour aider à la digestion. Les bébés africains, par exemple, ont des bactéries capables de digérer la nourriture très riche en végétaux qu’ils consomment. Quant aux Japonais, ils hébergent des bactéries qui décomposent les sucres complexes des algues, comme celles entourant les makis, que les Occidentaux ne digèrent pas. Ainsi, si lors d’un court séjour à l’étranger nous sommes gênés par une diarrhée ou une constipation, c’est que l’alimentation n’est pas adaptée à notre microbiote.
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L’intestin a longtemps été réduit à sa fonction dans la digestion. On sait qu’il intervient aussi dans nos défenses naturelles.
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Si l’intestin a longtemps été réduit à sa fonction dans la digestion, on sait aujourd’hui qu’il intervient aussi dans nos défenses naturelles. Les bactéries de notre microbiote nous protègent contre les germes : en occupant le terrain, elles ne laissent pas de place aux mauvaises bactéries qui voudraient coloniser l’intestin. Mais il s’avère qu’elles dialoguent aussi avec notre système immunitaire, et ce, dès les premiers instants de la vie. Nos cellules immunitaires, chargées de reconnaître et d’éradiquer les envahisseurs qui pourraient être dangereux pour notre santé, logent à 80 % dans l’intestin. Grâce à notre microbiote, elles font très tôt la connaissance des bactéries. Cela participe à leur instruction car elles apprennent à distinguer les bonnes bactéries des éventuels intrus : ainsi, elles pourront réagir plus vite face à un agent pathogène. Le rôle du microbiote dans nos défenses naturelles a été démontré par des expériences sur des souris dites axéniques : nées par césarienne et élevées dans des bulles stériles, elles ont un intestin dépourvu de microbes. Il s’avère que ces souris ont un système immunitaire très immature, ce qui les rend plus sensibles aux allergies et aux infections.
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D’autres études montrent que la composition du microbiote influence notre métabolisme mais aussi notre stress, notre humeur et même notre personnalité… Rien d’étonnant à cela quand on sait que le cerveau et l’intestin dialoguent étroitement, par l’intermédiaire du nerf vague mais aussi via la circulation sanguine grâce à des messagers chimiques. La sérotonine notamment, hormone du bien- être, est fabriquée en grande partie dans l’intestin. Ainsi, dénuées de microbiote, les souris seraient plus anxieuses, selon les études. Chez l’humain, les recherches en sont encore à leurs balbutiements, mais il a été montré que l’in- gestion de certaines bactéries pourrait diminuer les symptômes de la dépression. Considéré aujourd’hui comme un « deuxième cerveau », l’intestin ouvre des pistes prometteuses pour soigner diverses maladies. Le rôle du microbiote intestinal sur notre santé est tel qu’il tend aujourd’hui à être considéré comme un organe à part entière, au même titre que le cœur et les poumons.
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Un équilibre fragile
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Si l’être humain et ses bactéries sont des alliés de longue date, ces dernières doivent sans cesse s’adapter à nos modes de vie changeants. À l’ère industrielle, le bouleversement de nos habitudes alimentaires n’a pas été sans conséquence sur notre microbiote… Il s’avère qu’il est appauvri chez une personne sur quatre en Occident. La consommation d’aliments transformés, riches en protéines, en sucres et en lipides, s’est intensifiée au détriment des fibres complexes que l’on trouve dans les légumineuses, les fruits ou les légumes. Ces dernières sont pourtant une source majeure de subsistance pour nos bactéries intestinales. De même, l’utilisation d’additifs comme les émulsifiants des glaces ou des barres chocolatées serait néfaste pour le microbiote.
D’autres facteurs seraient en cause : l’excès d’hygiène, dû à la peur des microbes, amoindrit nos défenses naturelles, tout comme la prise d’antibiotiques, qui éliminent les bactéries pathogènes sans les distinguer de celles qui nous sont bénéfiques. Des chercheurs ont comparé nos populations intestinales à celles d’une tribu isolée, les Hadza de Tanzanie, dont l’alimentation se compose essentiellement de gibier, de tuber- cules de pomme de terre, de miel et de baies. Ces chasseurs-cueilleurs ont une diversité bactérienne bien supérieure à la nôtre, mais aussi moins d’infections et de maladies métaboliques. Même constat chez les Yanomami d’Amazonie, qui ont une flore intestinale d’une diversité sans égale. Il devient de plus en plus évident que, dans nos sociétés modernes, le microbiote perd de sa richesse, et ce déséquilibre pourrait être néfaste pour notre santé. On sait en effet que diverses maladies comme l’obésité, le diabète, les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin ou encore certaines allergies sont associées à une diversité réduite du microbiote.
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Sophie Vo, Journaliste scientifique
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Après une thèse en biologie, j’ai quitté l’univers de la recherche pour m’orienter vers le journalisme. J’écris depuis 2016 des articles en presse écrite pour les magazines Sciences Humaines, L’éléphant la revue de culture générale et le Cercle Psy. Le reste du temps, je suis attachée de production à France Inter, ponctuellement sur La tête au carré et l’été sur Le temps d’un bivouac.
Spécialisée dans les sciences et la nature, je privilégie les articles au long cours et explore divers formats : écrit, radio et diaporama sonore. Je suis basée près de Fontainebleau et me déplace pour réaliser des reportages.