En cinq ans, peu de choses ont changé. Si les algues vertes, mieux ramassées sur les plages, sont un peu moins visibles pour les estivants, elles sont toujours aussi présentes en Bretagne. En 2021, un rapport de la Cour des comptes étrillait l’inaction de l’Etat sur ce scandale sanitaire et environnemental qui a causé la mort de trois personnes, 36 sangliers et un cheval depuis 1989. La juridiction financière formulait alors plusieurs recommandations. Cinq ans plus tard, elle publie ce jeudi 9 juillet un rapport de suivi qui montre qu’une partie de ses orientations sont restées lettre morte.

Une fois de plus, la Cour confirme que la responsabilité de l’agriculture dans le phénomène ne fait aucun doute. La «prolifération des algues vertes en Bretagne [est due] à des concentrations excessives de nitrates dans les cours d’eau», rappelle-t-elle. Ces nitrates en excès proviennent des engrais azotés et lisiers issus de l’activité agricole, qui sont ensuite acheminés vers la mer par les cours d’eau. «La réduction des concentrations et des flux de nitrates dans les cours d’eau constitue le seul levier d’action permettant de limiter significativement» les marées vertes, précise le rapport.

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Or si de nombreux efforts ont été faits pour réduire les concentrations de nitrates, cela demeure insuffisant. Celles-ci restent trop élevées : au-dessus de 25 mg /L en moyenne en Bretagne contre 15 mg /L en moyenne en France. Selon les modélisations scientifiques rappelées par les magistrats financiers, les concentrations devraient atteindre entre 10 et 25 mg /L selon les cours d’eau pour espérer voir une diminution des algues. En 2024, les échouages d’ulves en Bretagne ont atteint plus de 2 000 hectares, soit 93 % des échouages nationaux.

Surtout, alors que 84 % des surfaces bretonnes touchées par les algues vertes en 2024 concernent des vasières (dont la moitié dans le Morbihan), «peu d’actions ont été déployées dans ces secteurs depuis les derniers travaux de la Cour» et les quelques mesures instaurées «restent limitées et sans commune mesure avec les dispositifs mis en place dans les baies algues vertes», peut-on lire. Ainsi, malgré la baisse des concentrations de nitrates dans ces zones, les échouages ont augmenté de 17 % entre 2008 et 2024. C’est pourtant dans une vasière de Hillion (Côtes-d’Armor) que Jean-René Auffray, la dernière victime des algues vertes, a été retrouvé mort en 2016. En juin 2025, la justice a reconnu la responsabilité de l’Etat dans son décès.

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Exemple rappelant encore la responsabilité de l’agriculture : dans la baie de Saint-Brieuc, qui concentre la majorité des échouages dans les baies, la Cour des comptes appelle à une «évolution profonde du modèle agricole actuellement prédominant». «Sans cette évolution des modes de production, il est illusoire d’espérer réduire significativement les flux de nitrates dans les cours d’eau de la baie et endiguer durablement le phénomène de prolifération des algues vertes», écrivent les magistrats.

Plus globalement, malgré une hausse des moyens financiers (de 56 millions d’euros dans le premier plan algues vertes de 2011-2017 à 128,6 millions dans le dernier, qui s’étend de 2022 à 2027) et un «renforcement des moyens réglementaires» de l’Etat, notamment grâce à des programmes de luttes spécifiques contre les algues vertes et des aides financières incitatives pour changer les pratiques agricoles mises en place dans les huit baies algues vertes, la Cour des comptes demande à l’Etat de «conforter et d’amplifier l’action», en particulier dans les secteurs vasiers, et de fixer des objectifs de «qualité de l’eau et de changements de pratiques». Entre autres, les aides aux entreprises agroalimentaires devraient également être conditionnées à des engagements sur les fuites d’azote, recommande la Cour, alors que les coopératives ont tendance à laisser reposer la charge sur les agriculteurs.

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Faisant suite à une demande des magistrats de modifier le septième programme d’action régional nitrates, le préfet de Bretagne indique que la révision en cours devrait «aboutir d’ici l’automne 2026». De fait, l’Etat n’avait pas vraiment le choix puisqu’il a de nouveau été condamné à agir contre les algues vertes en mars 2025 à la suite d’un recours de l’association Eau et Rivières de Bretagne. Son directeur, Arnaud Clugery, se félicite ainsi de la publication de ce nouveau rapport de suivi qui «dit que malgré les préconisations, rien n’a été fait dans les zones vasières». Surtout, explique-t-il, ces rapports de la Cour des comptes «permettent d’interroger les pouvoirs publics et d’étayer les actions en justice» de l’association.

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